يمثل الهيكل التنظيمي للمركز الركيزة الأساسية في تحقيق خطته والعمل على إرساء أساس قوي للازدهار في مجال تسوية المنازعات. لذا فقد وضع هيكله التنظيمي مجسدا لتلك الرؤى مراعيا فيها تشكيل مجلس أمناء مستقل ومتوازن بما يتماشى مع أفضل ممارسات الحكومة الدولية. وقد روعي في تشكيل اللجنة الاستشارية للمركز جانب الخبرة والتخصص مما يسهم في تحقيق اهداف المركز وأماله المعهودة.

كما يأتي تشكيل الجهاز الإداري للمركز برئاسة المدير التنفيذي تأكيداً لبلوغ استراتيجية المركز من خلال الاستفادة من خبراتها المتراكمة في هذا الصدد.