يمثل الهيكل التنظيمي للمركز الركيزة الأساسية في تحقيق خطته والعمل على إرساء أساس قوي للإزدهار في مجال تسوية المنازعات. لذا فقد وضع هيكله التنظيمي مجسدا لتلك الرؤى مراعياً فيها تشكيل مجلس أمناء مستقل ومتوازن بما يتماشى مع أفضل ممارسات الحوكمة الدولية. وقد روعي في تشكيل اللجنة الإستشارية للمركز جانب الخبرة والتخصص مما يسهم في تحقيق أهداف المركز وأماله المعهودة.

كما يأتي تشكيل الجهاز الإداري للمركز برئاسة المدير التنفيذي تأكيداً لبلوغ إستراتيجية المركز من خلال الإستفادة من خبراتها المتراكمة في هذا الصدد.