يتكون مجلس الامناء من 7  أعضاء ويختص بوضـع السـياسـات العامة للمركز وإعتماد الخطط الرئيسـية له ومتابعة وتقييم أداء المركز لمهامه، وللمجلس إتخاذ قرارات لتحقيق أغراضــه وإنتظام سـير العمل به، و على الأخص القيام بما يأتي:

1-اقتراح القواعـد والإجراءات المنظمـة لعمـل المركز والمتعلقـة بشــــئونـه الفنيـة والمـاليـة والإداريـة والموارد البشرية، والرسوم التي يتقاضاها، على أن يصدر بها قرار من الوزير المختص.

2-اعتماد القواعد والشروط اللازم توافرها في المحكمين المعتمدين بالمركز.

3-اعتماد قواعد قيد الخبراء الذين يجوز لهم القيام بأعمال الوساطة أو تسوية المنازعات

4-اعتماد قواعـد تجنـب تعـارض المصـــــالح للمحكمين والخبراء والقـائمين على إدارة المركز أو العاملين به عند قيام المركز بتأدية مهامه.

5-المسـاهمة في نشـر الثقافة والتوعية بأهمية التحكيم ووسـائل التسـوية الرضـائية للمنازعات خاصـة في مجال الأنشطة المالية غير المصرفية من خلال عقد المؤتمرات والندوات والدورات التدريبية وإصدار النشرات والمطبوعات المتخصصة.