تم إصدار النظام الأساسي للمركز بموجب مشروع قرار رئيس مجلس الوزراء رقم (2597) لسنة 2020 بإصدار النظام الأساسي للمركز المصري للتحكيم الإختياري وتسوية المنازعات المالية غير المصرفية وقواعد وإجراءات تنظيم العمل به.
يعد النظام الأساسي للمركز الألية التي تنظم إجراءات التحكيم والوساطة وتسوية المنازعات وفقاً للمركز المصري للتحكيم الإختياري وتسوية المنازعات المالية غير المصرفية. وبناءً عليه تصبح قواعد النظام الأساسي للمركز هي القواعد الحاكمة والمطبقة علي المسائل الإجرائية للتحكيم والوساطة وكافة طرق فض المنازعات بالنسبة للمنازعات التي يتم إحالتها لتسويتها بواسطة المركز